病理性尿痛的病因很多，但主要是膀胱及尿道疾病。常见病因有：
一、膀胱尿道受刺激：最常见为炎症性刺激，如肾盂肾炎、肾结石合并感染、肾结核、膀胱炎、尿道炎、前列腺炎、阴道炎。在急性炎症和活动性泌尿系结核时最为明显。非炎症性刺激如结石(膀胱结石、尿道结石、输尿管下1/3段结石等)、肿瘤(膀胱、尿道、前列腺肿瘤等)、膀胱或尿道内异物、膀胱瘘和妊娠压迫等刺激。
二、膀胱容量减少：如膀胱占位性病变，或膀胱壁炎症浸润、硬化、挛缩所致膀胱容量减少。
三、膀胱神经功能调节失常：见于精神紧张和癔病，可伴有尿急，但无尿痛。
1、排尿开始时尿痛明显，或合并排尿困难者，病变多在尿道，常见于急性尿道炎。
2、排尿终末时疼痛，且合并尿急者，病变多在膀胱，常见于急性膀胱炎。
3、排尿末疼痛明显，排尿后仍感疼痛，或觉"空痛"，或不排尿亦痛者，病变多在尿道或邻近器官，如膀胱三角区炎、前列腺炎等。
4、排尿突然中断伴疼痛或尿潴留：见于膀胱、尿道结石或尿路异物。
5、排尿不畅伴胀痛：老年男性多提示前列腺增生，亦可见于尿道结石。
6、排尿刺痛或烧灼痛：多见于急性炎症刺激，如急性尿道炎、膀胱炎、前列腺炎、肾盂肾炎。
尿痛是临床上常见的症状，女性尿痛比男性多见。尿痛的原因很多，需要加以区别。女性尿痛最常见原因是尿路感染包括肾盂肾炎、膀胱炎和尿道炎，另外阴道炎、老年萎缩性阴道炎、外生殖器感染、间质性膀胱炎、化学刺激(水泡浴、避孕凝胶、冲洗、药物)、尿道肉阜或憩室、膀胱收缩和括约肌松弛以及膀胱肿瘤等都可造成尿痛。男性尿痛可以有前列腺炎、尿路感染、性病(淋病、沙眼衣原体感染)等。
既然尿痛有以上那么多原因，所以一出现尿痛就服用抗生素是不妥当的，应当及时到医院就诊，查明原因。如果是尿路感染，也应该先作清洁中段尿培养，根据药物敏感试验结果选用有效抗生素正规抗炎治疗，以免滥用抗生素造成细菌耐药，或出现服药时症状缓解、一停药症状就复发的情况。
